O princípio do processamento do queijo tem por base a coagulação da proteína do leite. No final, obtêm-se dois produtos: a massa coagulada obtida, que se designa por coalhada e que contem essencialmente as proteínas do leite (caseína) e a gordura do leite, e o soro do leite, que contém principalmente água, lactose, proteínas do soro e vitaminas B.
A coagulação do leite está associada a uma variedade de culturas de bactérias que são responsáveis pela fermentação. Geralmente, intervêm as espécies Streptoccocus ou Lactobacillus. Ela pode ser realizada de duas maneiras: por meio de um ácido ou por meio de um coagulador.
A coagulação ácida é, sobretudo, aplicada no fabrico de queijos frescos. O ácido pode ser proveniente de bactérias de uma cultura-mãe ou de um ácido adicionado ao leite. Quando se usa uma cultura, inocula-se leite pasteurizado. O tempo de coagulação depende da quantidade de agente de inoculação adicionado, da temperatura (20-35°C) e da cultura-mãe utilizada. A coagulação pode demorar 2 a 16 horas. Relativamente ao ácido, pode-se utilizar vinagre, ácido láctico, ácido cítrico ou até mesmo sumo de limão.
A coagulação por meio de um coagulador (coalho) pode ser utilizada para se obter tanto queijos frescos como queijos maturados. Deste modo, ele desempenha duas funções: a coagulação do leite e a desagregação da proteína do leite durante a maturação conferindo o sabor característico ao queijo.
O coalho consiste numa mistura de enzimas, que contem quimosina. Este ingrediente vende-se nas farmácias e pode-se encontrar em estado líquido ou em pó. O coalho pode ser de origem animal (a partir do estômago de vitelo), vegetal (a partir de flores de cardo secas) ou microbiana (geneticamente modificada).
A quantidade de coagulador a acrescentar depende da força do mesmo e do tipo de queijo. Quando se produz um queijo macio, adiciona-se uma quantidade mínima (0,1 ml por cada 10L de leite).No caso de queijos duros ou semi-duros, acrescenta-se cerca de 1,5 ml por 10 litros de leite.
Em Portugal, a coagulação do leite é efetuada predominantemente a partir da flor do cardo.